עבודותיה עוסקות באמונה ובמסורת. "לאתיופיה היסטוריה ארוכת שנים עם הנצרות, האיסלאם (המדינה הראשונה שקיבלה מוסלמים) ויהדות (שלמה המלך). כל הדתות הללו עדיין קיימות ומעצבות את המדינה ברמות שונות. יש לי צילומים המזכירים ציורים שתמצאו בכנסיות האורתודוכסיות, עם מחווה של שלוש אצבעות, המסמלת את השילוש הקדוש", היא אומרת.
מולונה נולדה באתיופיה בשנת 1974, אך בילתה חלק גדול מילדותה בחו"ל, בתימן, בריטניה וקנדה וארצות הברית, שם עשתה תואר שני בקולנוע באוניברסיטת האוורד בוושינגטון, בהמשך עבדה בעיתונות, בצילום יומנים ב"וושינגטון פוסט". כנראה שעיסוק זה תרם פן תיעודי, עיתונאי, לעבודותיה.

עבודותיה של מולונה מהוות ביטוי וממחישות מה זה להיות אישה אפריקאית, מכילות מגדר וזהות וממצבות אותם בתוך החוויה הקולוניאלית. מאחר וחייתה שנים במערב, היא מנסה לחקור את המבט הזר וגם להעלות את המודעות להשפעת הצילום בעיצוב התפיסות התרבותיות.
בסדרה שלה, "זיכרון התקווה", היא בוחנת את האופטימיות שהגדירה פעם את נעוריה. היא נזכרת בתקווה, בהתרגשות ובביטחון ובתביעה האמיצה להכיר במה שנכון ולא נכון בעולם. המציאות שגילתה עם הגיל, משקפת צד אפל בהרבה של האנושות, ממה שהיא יכולה הייתה לצפות אי פעם.
דרך הסדרה, היא מבקשת להבליט את מה שאנחנו מנסים לא לשמוע ולא לראות.
עבודתה של מולונה מלווה בציור גוף, בהשראת אמנות גוף מסורתית של יבשת אפריקה.

כמעט בלתי אפשרי לקיים דיון מקיף על סצנת האמנות האפריקאית ולא להזכיר את אאידה מולונה. היא אף פועלת לייצג את התרבות של היבשת וכך הקימה את אדיס פוטו פסט, פסטיבל הצילום הבינלאומי הראשון באתיופיה, שהשנה מתקיים זו השנה ה-6. הפסטיבל מציג את עבודתם של למעלה ממאה צלמים מרחבי העולם, 35 מהם מאתיופיה. "רציתי לבנות גשר בין צלמים מרחבי העולם ולא רק אפריקה," אומרת מולונה.
היא אמנם אחת מהאמנים המובילים מהעולם האפריקאי, אך מולונה מעניקה חיים ליצירות אמנות המתעלות על הבדלי גיאוגרפיה, מעמדות ותרבות. במילותיה, היא נחושה להראות את "הצד השני של אפריקה. להראות שיש מודרניות באפריקה ושלא הכל מדכא".

באחת מהסדרות שלה היא מציגה נוף יבש וחם בצורה קיצונית באתיופיה ומדגישה כיצד המחסור במים יוצר בעיקר נטל על נשים. בתמונות שלה היא משתמשת בכוונה בצבעים בהירים, המנוגדים לרקע. הדוגמניות לובשות שמלות בכחול עמוק או אדום, עם כפפות לבנות ומטפחות ראש, אוחזות בחביות כתומות. על פי הערכה, ל- 783 מיליון איש בעולם אין גישה למים נקיים ובאפריקה, ל- 319 מיליון אנשים אין גישה למקורות למי שתייה. במילים אחרות, ברחבי העולם, לכל אחד מעשרה אנשים אין גישה זמינה למים נקיים. באתיופיה כמעט לארבעה מכל עשרה אנשים, נשללת הגישה למים נקיים וילד נפטר בכל שעה ממחלות הנובעות מכך. המצב חמור במיוחד באזורים כפריים. עבודתה של מולונה בדקה את ההשפעה של חוסר הגישה למים על "נשים במיוחד באזורים כפריים".
היא מספרת "במהלך העשור האחרון של חיי באתיופיה ובזמן שארגנתי את אדיס פוטו פסט, נתקלתי בתמונות ארכיוניות רבות של אתיופיה. מצאתי בהן לא פעם אלגנטיות ויוקרה רבה, של תקופה שחלפה מזמן. אחד הדברים המרשימים עבורי היה איך האנשים נראו מלכותיים, מושלמים ויפים. היצירה שלי באה להזכיר את התקופה ההיא המלאה בגאווה, היסטוריה, תרבות וכבוד".