Khara-Khoto, או "עיר שחורה" במונגולית, נוסדה בשנת 1032 לספירה כבירת שושלת שיה המערבית (1038–1227) ועד מהרה הפכה למרכז סחר משגשג. העיר נכבשה על ידי ג'ינגיס קאהן בשנת 1226, אך במקום להרוס אותה כפי שהיה נהוג לעשות לערים שנכבשו, חארה-קוטו אפילו פרחה תחת השלטון המונגולי. בתקופתו של קובלאי חאן, העיר התרחבה פי שלושה מגודלה המקורי, ואף הוזכרה על ידי מרקו פולו בספר המסע שלו.
שושלת מינג הסינית הטילה מצור על העיר בשנת 1372. הם הסטו את נהר ה-Ejin, מקור המים היחיד של העיר, חנקו אותה וכשנכנסו פנימה, הם טבחו לא רק את האוכלוסייה שנותרה בה, אלא את כל הבקר והסוסים. לאחר תבוסה זו, חארה-קוטו ננטשה ונהרסה.
האתר התגלה מחדש בתחילת המאה ה-20 על ידי משלחת מונגולית בשיתוף סצ'ואן בפיקודו של החוקר הרוסי פיוטר קוזמיץ' קוזלוב. במהלך חפירתה חשפה המשלחת למעלה מ-2,000 ספרים, מגילות וכתבי יד בשפת טנגוט המקומית.