מתחת למסגד עטור הפסיפסים והגנים השלווים שלו, התופסים גוש שטח גדול של הרובע הלטיני, אפשר לראות מערות תת-קרקעיות “מחתרתיות” של המסגד, שימשו בעבר מקלט ללוחמי ההתנגדות וליהודי צרפת, אשר המסגד צייד אותם בתעודות המזהות אותם כמוסלמים. בדיוק באותה עת בקומה העליונה, בנגבריט, מנהיג דתי ופוליטי יליד אלג’יריה, ערך סיורים במסגד לקצינים נאצים ולנשותיהם, מבלי שהיו מודעים למה שמתרחש ממש מתחת לרגליהם.

האימאם סי קדור בנגהבריט

בתחילת שנות הארבעים התגוררה בצרפת אוכלוסייה גדולה של צפון אפריקאים, כולל אלפי יהודים ספרדים. היהודים דיברו ערבית וחלקו רבות מאותן מסורות והרגלים יומיומיים כמו הערבים: לא אכלו חזיר, נימולו ושמות מוסלמים ויהודים היו לעתים קרובות דומים.
מתן המסתור ליהודים היה במידה רבה אימפולסיבי ולא כהחלטה מאורגנת של המסגד וזו אולי הסיבה לכך שהתיעוד ההיסטורי נותר כה עמום. יש הטוענים שאלפי יהודים ניצלו, אחרים טוענים שרק עשרות. בשנת 2006 התראיין האימאם הנוכחי של המסגד הגדול בפריס, דליל בובקייר, על ידי רוברט סאטלוף, מנהל מכון וושינגטון למדיניות המזרח הקרוב. בודבייקור אישר כי “עד 100 יהודים” קיבלו ככל הנראה תעודת זהות מוסלמית על ידי המסגד והציג עותק של מסמך ממשרד החוץ משנת 1940, השמור בארכיון הצרפתי, המעיד כי הנאצים חשדו שאנשי מסגד מספקים זהויות מוסלמיות כוזבות ליהודים. סאטלוף אמר בראיון לניו-יורק טיימס “צריך להפריד בין המיתוס לבין העובדות. מספר היהודים שהוסתרו על ידי המסגד היה ככל הנראה עשרות ולא מאות. אבל זהו סיפור הנושא מסר פוליטי רב עוצמה וראוי שיסופר”.
גבר יהודי צפון אפריקאי בשם אלברט אסולין, שנמלט ממחנה מאסר גרמני, כתב על ההסתתרות שלו במסגד: “לא פחות מ-1,732 לוחמי התנגדות מצאו מקלט במערות המסתור של המסגד. אלה כללו נמלטים מוסלמים אך גם נוצרים ויהודים, האחרונים היו רבים ביותר”.

ב-2013 יצא סרט בנושא, המבוסס על סיפורים אמתיים, בשם “Les Hommes Libres” (”אנשים חופשיים”), של הבימאי Ismaël Ferroukhi, “מוסלמים ויהודים חיו ביחד בשלום. עלינו לזכור זאת – בגאווה”, הוא אומר.
המקרה הבולט ביותר של יהודי שמצא מקלט במסגד, היה הזמר סיימון הילאלי: מחמוד שלאבי, שחקן פלסטיני החי בישראל, מגלם את סלים – במקור סיימון – הילאלי, יהודי שניצל מהשואה כשהוא מתחזה למוסלמי והיה הזמר הפופולרי ביותר בשפה הערבית של פריז. (הילאלי מצא במקרה את שם סבו בנגבריט, חקוק על מצבה בבית הקברות המוסלמי, ממצא שולי שהציל את חייו: בסצנה מותחת בסרט, דורש חייל גרמני ממנו להוכיח כי אינו יהודי והוא מלווה אותו לבית הקברות, בכדי לראות את שם סבו על המצבה).
הסרט צולם בארמון ריק במרוקו, בתמיכת ממשלת מרוקו. המסגד בפריס סירב להעניק אישור לצילומים כלשהם “אנחנו מקום תפילה,” אמר האימאם “יש אצלנו תפילות חמש פעמים ביום, צילום סרט אצלנו במסגד היה משבש אותן”. במאי הסרט מסביר גם מדוע הסרט אינו מציג את יהודי אשכנז ממוצא מזרח אירופי שניצלו על ידי המסגד: “המסגד לא התערב למען יהודי אשכנז, שלא דיברו ערבית או הכירו את התרבות הערבית”.